В настоящее время МОУ гимназия № 11 осуществляет взаимодействие с Елецким государственным университетом, Рязанским медицинским университетом и Московским физико-техническим институтом.

С ЕГУ договор о сотрудничестве до 2003 года включал возможность для учащихся сдавать совмещенные экзамены по профильным предметам. Кроме того, в гимназии долгие годы вели спецкурсы преподаватели ЕГУ, кандидаты наук Дудина Т.П., Казарина В.И. и Краснова Т.В. Кафедра педагогики ЕГУ проводила совместные заседания с учителями и классными воспитателями гимназии, где с докладами выступали как преподаватели университета, так и сотрудники гимназии. Кроме того учителя и классные воспитатели гимназии принимают активное участие в работе различных конференций ЕГУ, круглых столах и Рождественских чтениях. Например, Иванова О.А. выступила в текущем году с докладом «Роль спецкурса «Русское народное творчество» в духовно-нравственном воспитании учащихся». ЕГУ на базе гимназии ежегодно проводит в ноябре и феврале-марте педагогическую практику студентов  почти всех факультетов университета.

Договор о сотрудничестве с Рязанским медицинским университетом в гимназии существует с 1997 года. В 1998 году состоялся первый выпуск медицинского класса гимназии, учащиеся которого поступили в РГМУ. С тех пор в медицинские вузы страны поступило более 80 выпускников гимназии. Из них 76 – в РГМУ. Набор в 10 медицинские классы осуществляют преподаватели РГМУ в сентябре, проводя тестирование учащихся. Зачисляют в группу по результатам тестирования и заявлениям родителей. В текущем учебном году по договору с РГМУ готовится 7 одиннадцатиклассников и 12 десятиклассников.

В предыдущие годы занятия с учащимися проводили в течение недели со время студенческих каникул в самом РГМУ. Начиная с прошлого года, преподаватели химии и биологии из Рязани сами приезжают в гимназию, и проводят занятия с нашими учащимися на месте. Текущие уроки химии и биологии проводят учителя гимназии Рыбинская Т.В. и Деревянкина Т.А. по программам углубленного изучения в соответствии с требованиями вступительных экзаменов РГМУ.

Заочная физико-математическая школа МФТИ существует в гимназии более 10 лет. В ней занимаются учащиеся физико-математических классов под руководством учителей гимназии, пользующихся методическими рекомендациями и заданиями МФТИ. По окончании гимназии наряду с аттестатом об образовании учащиеся получают документ об окончании заочной физико-математической школы МФТИ. Полученные знания помогают выпускникам при поступлении в вузы страны и при подготовке к олимпиадам по физике и математике. В настоящее время выпускники заочной физико-математической школы обучаются в МВТУ им. Баумана, МГУ, МФТИ и других лучших вузах страны. Преподают в ЗФМШ учителя математики Перекалина В.П., Новикова Е.А., Кузина М.В. и Австриевских Н.М..

Можно сделать  вывод, что сотрудничество с вузами имеет большое значение, как для нашей гимназии, так и для вузов